non vedo dove sta il problema in quanto scrivi.
l'AGCM è un'autorità amministrativa, il Consiglio di Stato è l'autorità giudiziaria deputata a valutare la correttezza o meno dei provvedimenti amministrativi.
Succede continuamente che un organo giudiziario dia torto ad un organo amministrativo o legislativo o di governo.
La Corte Costituzionale quando dichiara incostituzionale una legge dà torto alla presidenza del Consiglio, che sta in giudizio con l'Avvocatura dello Stato, e, indirettamente, anche al Parlamento che ha votato quella legge e al Presidente della Repubblica che ha firmato quella legge, sebbene fosse incostituzionale (e quindi il PdR aveva il dovere di non firmare e i parlamentari di non votare).