Sicuramente saranno redditi diversi, però per dare una risposta definitiva sarebbe meglio confrontarsi con l'ADE, infatti, nel caso software bisogna distinguere se sono ceduti i diritti di utilizzo ovvero il software medesimo. Poi da quel che ho capito direi che il tuo è un caso particolare poiché stai cedendo un pezzo, non tutto, giusto?
Riguardo la tassazione il soggetto estero ti paga tutto a lordo e bon, poi in sede di dichiarazione 2013 dovrai semplicemente inserire tali redditi e, a seconda della loro natura, subire la corretta tassazione.