La mattina del 9 agosto 1945 l'equipaggio del
Boeing B-29 Superfortress BOCKSCAR, il
bombardiere scelto per la missione, si alzò in volo con a bordo la bomba atomica soprannominata "Fat Man", alla volta di
Kokura, l'obiettivo iniziale della missione.
[55] Tuttavia le nubi non permisero di individuare esattamente l'obiettivo e dopo tre passaggi sopra la città, ormai a corto del carburante necessario per il viaggio di ritorno, l'aereo venne dirottato sull'obiettivo secondario, Nagasaki.
[56] Intorno alle 07:50 ora di Tokyo il silenzio sulla città giapponese venne squarciato dall'allarme aereo che durò fino alle 08:30. Alle 10:53 i sistemi radar giapponesi segnalarono la presenza di solo due bombardieri e il comando giapponese, ritenendo che si trattasse solo di aerei da ricognizione, non lanciò l'allarme.
[57]
Poco dopo, alle 11:00, l'osservatore del bombardiere, creduto aereo di ricognizione, sganciò degli strumenti attaccati a tre paracadute: questi strumenti contenevano dei messaggi diretti al professore Ryokichi Sagane,
fisico nucleare dell'
Università Imperiale di Tokyo che aveva studiato all'
Università di Berkeley assieme a tre degli scienziati responsabili della bomba atomica, perché informasse la popolazione dell'immane pericolo che stavano per correre.
[58] I messaggi vennero ritrovati dalle autorità militari, ma non furono consegnati al destinatario.
[59]
Alle 11:02, alcuni minuti dopo aver incominciato a sorvolare Nagasaki, il capitano avvistò visivamente, così come era stato ordinato, il nuovo obiettivo, che era ancora una volta nascosto dalle nubi. Dato che non era pensabile tornare indietro e rischiare un ammaraggio dovuto alla mancanza di carburante con un'arma atomica a bordo, il comandante decise, in contrasto con gli ordini, di accendere il radar in modo da individuare l'obiettivo anche attraverso le nubi: così "Fat Man", che conteneva circa 6,4 kg di
plutonio-239, venne sganciata sulla zona industriale della città.
[60]
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La bomba esplose a circa 470
m d'altezza vicino a fabbriche d'armi; a quasi 4
km a nord-ovest da dove previsto: questo "sbaglio" salvò gran parte della città, protetta dalle colline circostanti, dato che la bomba cadde nella
valle di Urakami.
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Tuttavia il computo delle vittime rimase drammaticamente elevato. Le stime sul numero dei morti all'istante variano da 22 000 a 75 000 persone.
[61] Secondo la maggior parte delle valutazioni, almeno 35 000-40 000 dei 240 000 residenti a Nagasaki vennero uccisi all'istante e oltre 55 000 rimasero feriti
[62][63]. Il numero totale degli abitanti uccisi viene comunque valutato intorno alle 80 000 persone, incluse quelle
esposte alle radiazioni nei mesi seguenti.
[56] Tra le persone presenti a Nagasaki il 9 agosto vi era anche un ristretto numero di sopravvissuti di Hiroshima.
[64] Nei mesi successivi alle esplosioni, il numero complessivo di vittime nelle città di Hiroshima e Nagasaki superò le 200 000 persone.
[65